Chim cánh cụt mắt vàng là loài duy nhất trong chi Megadyptes. (một loài nhỏ hơn, đã tuyệt chủng, M. waitaha, được phát hiện năm 2008).[3] Trước đây được cho là có quan hệ gần với chim cánh cụt nhỏ (Eudyptula minor), nghiên cứu phân tử cho thấy cánh cụt mắt vàng có quan hệ gần với các loài trong chi Eudyptes. Bằng chứng ty thể và ADN nhân tế bào đề xuất rằng chúng tách khỏi tổ tiên chi Eudyptes chừng 15 triệu năm trước.[4]

Loài này được Jacques Bernard Hombron và Honoré Jacquinot mô tả năm 1841. Tên tiếng Māori là hoiho.